La principale e la più bella chiesa di Cisternino è la Chiesa Madre di San Nicola di Patara, poco distante da Piazza Garibaldi, che venne eretta sul luogo di culto dei monaci basiliani, ma che nel corso dei secoli ha subito modifiche e rifacimenti che ne hanno alterato il primitivo aspetto medievale.
La facciata, per esempio, di gusto neoclassico, fu eretta intorno al 1848 abbattendo la precedente, di ispirazione romanica. L'impianto interno è a tre navate, scandito da colonne con capitelli in pietra che ancora conservano l'antica impronta medievale, mentre nella navata laterale di destra si aprono due cappelle con la prima che è quella del Rosario con una scultura della Imago pietatis attribuita alla scuola di Stefano da Putignano. Ma soprattutto tra il muro che congiunge le due cappelle si colloca la più prestigiosa scultura del rinascimento pugliese: la Madonna con Bambino e Offerenti, detta anche la “Madonna del Cardellino” del 1517. Ma anche la sacrestia è uno scrigno di opere d'arte di grande pregio come il bassorilievo ligneo della Madonna della Madia e la tela dei Santi Quirico e Giulitta di Barnaba Zizzi, pittore di Cisternino